原高雄市家庭教育中心原隸屬於本市教育局所屬的社會教育館之「親職教育諮詢中心」。
惟自民國九十二年本市文化局成立,社會教育館改隸文化局,該中心業務始改由教育局第四科接管。 自民國七十七年起教育部為適應社會發展需求,解決日益嚴重的青少年犯罪及家庭問題,並依據第六次全國教育會議決議,編列預算分別補助各縣市推行家庭教育工作,以強化親職教育功能,中心開始招募工作人員,並由教育部統籌培訓學校教師,擔任義務輔導員,負責中心諮詢專線的服務工作。
本市為積極推展本市家庭教育工作,並符合家庭教育法之規定與要求,市府於95年5月25日以高市府人一字第0950025770號修正「高雄市政府教育局組織規程」暨編制表,並將原高雄市中心設置為局內單位,以借助教育局及所屬單位資源辦理家庭教育事項,並於96年10月22日以高市府人字第0960054628號函,致詮敘部轉陳考試院,將家庭教育中心主任修正為專任職務,增置中心人力,以推展家庭教育中心業務。
而原高雄縣為了整合教育體系於90年9月10日正式將家庭教育中心由文化局回歸教育局,隸屬於教育局社教課之下,92年10月30日依據家庭教育法以任務編組的方式成立「高雄縣政府家庭教育中心」,並訂定「高雄縣政府家庭教育中心設置要點」下達所屬各相關單位,為更加落實家庭教育之推動,97年7月4日正式成立為二級機關,以期服務更廣大之民眾務人員資格。99年12月25日因應高雄縣市合併,原高雄縣市家庭教育中心正式合併成立為獨立之二級機關,整合原高雄縣市家庭教育中心之資源及人力,為追求大高雄和諧幸福家庭共同努力。